Dans le cadre du projet open GPU, je réalise un programme de qualification de données NGS qui travaille en trois tiers. Un serveur de calcul sur un machine Linux multi-processeurs, multi-coeurs, dialoguant en soap avec un serveur web. et un ensemble de pages de dialogue web sur le poste du biologiste qui lui permet en quelques minutes d'obtenir les premieres statistiques qualitatives sur son expérimentation. la première passe correspondant à la lecture des fichiers peut durer une dizaine de minutes pour quelques dizaines de Go. Un ensemble de filtres lui permet en plusieurs passes de calcul, de sélectioner les données les plus pertinentes qui seront ensuite livrées à la suite météor d'assemblage, d'annotation, ou de mapping. Pour chaque passe, les données étant en mémoires dans le formlat adapté au calcul, chaque test de flitre peut durer cinq secondes avec quelques dizaines de coeurs. Voire pour ces aspects la présentation de Nicolas Pons en 2010.
J'ai
participé à une expérimentation qui a fait l'objet d'une presentation à
la conférence de Lancefield à Milan en octobre 2011 :
Noël
de cette année, Marc Grison le père de Benoît a réussit son projet
d'éditer un livre sur la vie d'alpiniste de Benoît, annoté de nombreux
témoignages de ses amis. Benoît était l'un des meilleurs alpinistes de
la fin du 20ième siècle qui inscrira en toute discrétion les plus
grandes ascensions en solitaire dans le massif du Mont Blanc. Il est
ausi mon ami, malgré sa disparition en 1986 dans l'expédition
commémorant les 50 ans de l'ascension de l'Annapurna par les français.
Un grand merci pour ses parents qui sont d'un courage exceptionel.
J'ai conservé mes activités d'organisation de séminaires avec l'association Aristote dont je suis membre du commité de programme et une activité de consultant en maîtrise d'oeuvre Windows et Unix. Dans ce domaine, je travaille avec des études d'huissiers et des PME comme la Société Choletaise de fabrication. Elles rencontrent toute la même problématique d'être entre les mains d'un fournisseur de matériels plus ou moins en cheville avec le fournisseur de l'application métier.
Je travaille actuellement à l'Institut National de recherche en Agronomie. Non que je sois agronome, mais l'Institut a lancé un projet OpenGPU dans lequel j'interviens en tant que spécialiste des systèmes d'exploitation distribués parallèles. Ainsi j'apporte mon savoir faire en informatique aux biologistes aux bio-informaticiens qui souhaitent traiter des problématiques méta-génomiques haut débit.
Evènement exceptionnel les huit et neuf juin à l'Ecole polytechnique à Palaiseau. L'association Aristote en partenariat avec le projet Européen OpenGPU co-organise le deuxième kickoff du projet OpenGPU après avoir co-organisé le premier kickoff en 2010. Cette journée dédiée au déluge de calcul sera suivie d'un séminaire Aristote dédié au déluge des données.
Le passé nous ratrappe. En effet, le projet TELESIA de recherche sur le travail et le séminaire collaboratif ressort de plusieurs années de sommeil. Ainsi grâce à une chaîne d'amitié, je suis heureux de vous présenter les fondements du travail collaboratif en France. Travail collaboratif qui a pris sa place sur le réseau grâce à l'association Aristote, le réseau REANTER. Et qui sera pour moi la plateforme d'expérimentation de ma thèse en 1997.
Ainsi voici les prémices du projet TELESIA, remarqué par la direction de l'INRIA, en la personne de son propre Président : Alain Bensoussan.
Je travaille depuis le mois d'Avril 2010 à l'Institut National de Recherche en Agronomie à Jouy en Josas, dans le cadre du projet Européen : "OpenGPU".
J'apporte mes connaissances approfondies en systèmes d'exploitation
et en calcul distribué acquisent dans le projet SOL et Chorus à
l'INRIA, Chorus Systèmes une des sociétés que j'ai fondé, et Archipel
une des pionnière en architecture parallèle inmos et Chorus. Les
premiers résultats ont fait l'object d'une présentation courte au JOBIM
d'Octobre 2010 à Montpellier. Voici notre poster de présentation du
projet Météor : 
Le résumé de notre présentation.
La présentation de Nicolas Pons de nos travaux.
Je suis Ingénieur en informatique et docteur en informatique depuis le 14 Mars 1997.
